Эффективный анализ деятельности предприятия часто требует решения специфических задач, направленных на конкретную, область, сферу или сектор. Специальный аудит относится к разновидности инициативных проверок и может быть организован в любое время. Непосредственно выполнению работ предшествует составление или утверждение плана с указанием масштабов и объёмов работы. Данная разновидность проверки включает такие разновидности аудита как налоговый, юридический, ревизионный и проблемный. Также предусматривается экспресс-аудит для срочного анализа отдельных участков деятельности.

Состав рабочей группы формируется уже в зависимости от конкретного типа проверки и её задач. Специальный аудит может проводиться с участием профильных специалистов, юристов и экспертов в конкретной области, сертифицированных согласно установленному законодательству. Преимуществом является получение важных рекомендаций по исправлению имеющихся ошибок, а также оптимизации деятельности предприятия. Проведение специального аудита может сильно различаться по времени в зависимости от объёмов работ. Результатом проверки становится заключение, содержащее необходимую информацию для заказчика.